为贯彻落实《深化党和国家机构改革方案》《农业农村部职能配置、机构设置和人员编制规定》要求和中央编办有关批复精神，切实履行好党中央国务院赋予农业农村部的统筹管理农业投资职责，2018年11月，农业农村部党组决定，在原农业部工程建设服务中心基础上，整合机构改革中原国土资源部、水利部划入农业农村部的有关职责、编制及人员，组建农业农村部工程建设服务中心（以下简称中心），业务归口计划财务司。
中心的主要职责是：承担农业农村投资项目规划、项目建议书、可行性研究报告、实施方案等评审工作，承担农业农村投资项目实施情况运行监测、绩效评价、统计分析等工作，承办农业农村投资项目定额标准编制，提供农业农村重大投资项目建设咨询服务，组织开展农业系统勘察设计、建设监理、工程咨询、工程造价等单位与个人执业资格的有关管理工作等。
中心机构规格正局级，核定编制55名，目前在编48人，其中，博士研究生4人，硕士研究生24人；具有正高级专业技术职务任职资格7人，副高级专业技术职务任职资格30人。中心具有工程咨询单位甲级资信证书（农业、林业，建筑），拥有注册咨询工程师14人、注册造价工程师4人。
整合组建一年来，受农业农村部相关司局委托，中心组织对3500个农业投资项目进行了绩效评价和运行监测，评审农业投资项目1000余个。咨询成果获得全国优秀工程咨询一、二等奖。
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